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Les hypothèses ne manquent pas quant aux causes de la disparition de l’Aepyornis maximus : asphyxie due à des dégagements de gaz carbonique, extermination par l’homme, utilisation abusive des oeufs, etc.
L’hypothèse de grandes variations climatiques ayant entraîné la disparition de ces grands oiseaux est aujourd’hui la plus probable. Une grande sécheresse les aurait, dans un premier temps, contraints à se regrouper autour de points d’eau, puis avec la persistance de la chaleur, ils n’auraient pas survécu. Actuellement, bon nombre de squelettes ont été retrouvés non loin d’anciennes mares qui constituèrent probablement leur dernier asile.
A Antananarivo, capitale de Madagascar, le Parc Botanique et Zoologique de Tsimbazaza offre la particularité de présenter des espèces rares ou endémiques de la Grande Ile . A l'intérieur de ce parc, se trouve un musée d'histoire naturelle qui abrite l'immense squelette d'un Aepyornis maximus.
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